先天性子宫发育异常可能是受精卵形成异常等内源性因素引起的，也可能是服用性激素药物等外源性因素引起，具体分析如下：
胚胎发育过程中，苗勒氏管也在发育、融合，在此期间可能会因多种因素导致各种畸形，包括受精卵形成异常、胚胎发育异常以及各种染色体异常等，可导致子宫在形成、分化过程中出现一定的改变，进而导致先天性子宫发育异常。
女性在怀孕早期服用性激素药物，也可能会导致胎儿在发育的过程中，原始性腺分化、发育以及内生殖器的始基融合等发生改变，从而出现先天性的发育不良，而表现为先天性子宫发育异常。根据胚胎不同时期发生的问题，可形成不同的子宫发育不良，如可出现无子宫、无阴道或者发育成始基子宫，即子宫是没有功能的小肉球。此外，还可以导致子宫发育不佳、单角子宫、双子宫等。
