巧克力囊肿的患者在原则上来说是可以怀孕的。
但是需要注意的是，对于症状较为严重的巧克力囊肿患者，疾病本身可能对患者怀孕产生影响。巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，而子宫内膜异位症的患者大约有40%到50%会合并有不孕症状，主要是由于子宫内膜异位症可能导致较为严重的盆腔粘连或影响卵巢排卵。
卵巢巧克力囊肿体积较小时对卵巢功能损害较小，卵巢可以正常排卵，通过积极监测卵泡发育及排卵情况，可以成功怀上孩子。
当卵巢巧克力囊肿体积逐渐增大时，会影响卵巢功能及排卵情况，同时盆腔内因炎症渗出，患者会出现盆腔有粘连的情况，进而影响精子与卵子结合，此时可选择手术治疗，将巧克力囊肿剥除并分解盆腔粘连，如果子宫、输卵管以及丈夫精子没有问题可以怀孕。
如果发现有卵巢巧克力囊肿，需要积极求医，在医生的专业指导下定期复查和治疗后，患者可以怀孕。
