卵巢巧克力囊肿的病情较轻，可采取药物治疗，如果病情比较严重，可采取手术治疗。
- 如果卵巢巧克力囊肿比较小、比较少，也没有引起明显的不适症状，可先采取药物治疗改善病情。常用的药物有孕激素，比如甲地孕酮、地屈孕酮等，还有雌激素，比如雌三醇、雌二醇等。但需要在医生的指导下合理用药，才有助于病情恢复。
- 卵巢巧克力囊肿比较大、数量比较多，已经引起明显的疼痛、月经失调等不适症状，需要及时通过手术进行治疗。常见的手术方式有保留卵巢功能的手术、保留生育功能的手术、根治性手术等，患者可根据自己是否需要保留生育功能进行选择。
