卵巢巧克力囊肿主要是由于子宫内膜异位，在卵巢内生长，从而形成囊肿。可能是由于经血逆流、体腔上皮化生以及免疫因素等情况所致，治疗措施如下。
通常当出现经血逆流现象时，经期脱落的子宫内膜会随着经血进入腹腔，可能种植在卵巢部位，还会在卵巢内生长和蔓延，从而逐渐形成囊肿。
通常卵巢上皮是由体腔上皮分化而来，当体腔上皮受到经血、慢性炎症等刺激时，则可能会转变为子宫内膜样组织，也就是卵巢巧克力囊肿。
通常当出现经血逆流现象时，免疫系统会发挥作用，让免疫细胞帮助消除。但如果免疫系统异常，则可能会发展为子宫内膜异位症，逐渐引发卵巢巧克力囊肿。
对于痛经比较明显、无生育要求以及未婚女性来说，可以在医生指导下使用地诺孕素片等药物来抑制排卵，治疗疾病。如果是比较大的卵巢囊肿，即大于5cm的囊肿，有不孕的女性或者症状比较重，怀疑局部病变比较重时，可以采用腹腔镜进行手术治疗，腹腔镜手术治疗包括肿物剥除、附件切除以及子宫加附件的切除。
