一般来说，巧克力囊肿手术后是否能自己怀孕与手术方式有关。
巧克力囊肿是一种良性囊肿，通常由于剧烈运动、同房等原因，引起子宫内膜异位至卵巢，异位内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿。巧克力囊肿可以通过腹腔镜手术进行治疗，腹腔镜手术可以保留一侧或双侧卵巢，切除可见的异位内膜病灶、分离粘连，不破坏正常的卵巢、子宫生理结构。通过手术治疗，完全可以在保留生育功能的前提下治愈疾病。此时患者巧克力囊肿手术后仍能自己怀孕。
如果患者采用的根治性手术，即将子宫、双附件进行切除，此时患者不具备怀孕的条件，因此不能自己怀孕。
同时，在手术治疗完成后，患者要定期检查，在医生指导下坚持应用醋酸甲羟孕酮、醋酸甲地孕酮等药物，防止病情复发。术后一般要休息一个月左右，短期内不能怀孕。
