巧克力囊肿不会自己消失。
巧克力囊肿与子宫内膜异位症有关。异位的子宫内膜出现在卵巢部位后不断生长，并随着月经周期脱落，脱落的子宫内膜无法通过阴道排出，在卵巢部位形成囊肿。一般会伴随着性交疼痛、月经不调、不孕等症状。如不经过治疗，巧克力囊肿会随着月经周期的变化而逐渐变大，不会自己消失。
巧克力囊肿患者可以通过遵医嘱应用双氯芬酸钠肠溶片等药物，缓解巧克力囊肿所带来的疼痛感，同时遵医嘱配合应用米非司酮片等药物，来控制囊肿增长，部分巧克力囊肿需要进行手术治疗。
出现了巧克力囊肿需要及时治疗，防止疾病发展，造成不孕。
