通常情况下，子宫内膜异位症中的卵巢巧克力囊肿是不会自行消失的。
卵巢巧克力囊肿是由于部分经血滞留体内，积累形成的囊肿，不具有自愈性。同时由于月经具有周期性，每个月都会有经血滞留，如果不及时加以治疗，囊肿可能会逐渐变大，甚至破裂。如果症状轻微，可遵医嘱服用醋酸甲羟孕酮片、炔诺酮片等药物进行治疗。
巧克力囊肿多为一种良性的病变，但可能会引起痛经、腹痛，甚至不孕，也有一定的癌变几率，且常有复发现象。患者需要定期去医院做B超检查、血常规检查等，严重时需要通过手术切除。
