通常情况下，巧克力囊肿癌变率并不高。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位生长到卵巢部位，脱落后无法排出形成的陈旧积血性囊肿，是异位生长到卵巢内的活跃的子宫内膜导致的。随着月经周期的变化而有规律的出血，属于肿块，但并非肿瘤。
部分患者可能会发生囊肿破裂现象等，但较少有临床数据显示该疾病患者发生癌变。但存在部分高危因素的人群，如患者年龄较大、患病时间较长，较为肥胖及长期口服特殊药物等，巧克力囊肿癌变几率相对较高。
尽管巧克力囊肿整体癌变几率较小，也应引起患者重视，建议尽早进行检查及在医生指导下进行治疗等。
