食管癌靶向治疗与化疗两者在治疗原理、治疗效果以及副作用、适用人群等方面存在很大的区别：
食管癌靶向治疗是针对肿瘤细胞产生靶向作用，目标性较强，极具针对性，能够使肿瘤细胞特异性死亡，不会波及发生肿瘤部位的其他正常细胞。而化疗是通过破坏肿瘤细胞的DNA结构、功能，抑制其生长、复制、分裂等过程，使肿瘤细胞失去生长能力。
食管癌靶向治疗针对识别癌细胞表面目标物质，即可以消灭含有该物质的癌细胞，能够特异性的针对肿瘤细胞。而化疗可以治疗大范围的肿瘤病灶，预防转移，但对于正常细胞会存在一定的损伤。
食管癌靶向治疗对身体的毒性会明显降低，但仍可能会使患者发生皮疹、恶心、腹泻等症状。而化疗药物是按照细胞的周期开发的特殊药物，属于细胞毒性药物，其对人体正常细胞亦可发生毒副反应。患者可发生肝功能损伤、肾功能损伤、消化系统损伤、骨髓抑制以及脱发等不良反应。
食管癌靶向药物有特定的靶点，适用于特定的驱动基因人群，靶向药一般需要进行基因测序，寻找适合人群。而化疗药没有特定人群选择，主要考虑患者的耐受性。
靶向药物一般比化疗药物昂贵，所以患者需根据病情、自身经济条件、个人体质等因素综合考虑，在医生指导下选择合适的治疗方式，以促进疾病康复。
