福建省妇幼保健院妇科是妇幼保健院最重要的支柱科室之一，妇科拥有5个妇科病区、妇科门诊及门诊手术室、宫颈病变中心、生殖中心、肿瘤实验室、尿动力学研究室、四级腔镜培训基地等种类齐全、结构合理、我省最大、综合实力最强的综合性大妇科学科群。近几年来，妇科年住院量、手术量逐年增高。妇科门诊年门诊量25余万人次，居省内第一；妇科病房现在编床位200张，开放床位达250余张，年住院人数约8600人，手术6500余台次。各病区临床业务各有所长，可开展开腹、阴式、腔镜等各类手术，常年接受省内各级医院疑难病例的转诊和会诊，承担福建医科大学，福建卫生职业技术学院等院校的教学实习工作，接受省内各级医院妇科医师进修和培训。
