桥本氏甲状腺炎，没有根治的方法，根据患者甲状腺功能状态给予不同的治疗方案。
如果患者仅表现为甲状腺过氧化物酶抗体和（或）甲状腺球蛋白抗体升高，而甲状腺激素水平正常，对于这样的患者不需要特殊治疗，嘱患者避免长期较多含碘食物的摄入，定期随访观察甲状腺功能变化即可。
如果患者桥本氏甲状腺炎出现了甲状腺功能减退的情况，此时，绝大部分患者需要开始甲状腺素的替代治疗，根据甲功情况，来调整药物的使用，将甲状腺功能调节至正常范围后维持药物使用，一般需要长期的治疗。
有的患者可能出现一过性的甲状腺毒症表现，一般无需特殊治疗，对于有明显心悸、心动过速症状的患者，对症给予β受体阻滞剂减慢心率治疗，大多数患者的甲状腺毒症表现可逐渐自行缓解。
