儿童消化不良主要根据所表现的症状来对症处理。
如果患儿主要以腹胀、呕吐等症状为主，可以使用促进胃动力的药物，增加肠道蠕动，改善不良反应。可以服用益生菌类药物，改善肠道菌群稳定。
如果患儿主要以反酸、恶心症状为主，则可使用抑酸类的药物进行调理。此类药物能够有效的抑制胃酸分泌，减轻反酸症状。
如果患儿主要以腹泻症状为主，则应给予止泻药物。避免长时间腹泻，以免发生水、电解质紊乱等不良反应。
儿童出现消化不良时还应注意相应的饮食情况，尽量以清淡易消化的食物为主，以免增加肠胃负担。
