输尿管镜取石术是否痛苦主要按取石术中及术后两方面来讨论，总体而言，术中基本无痛苦，术后会略有刺激感，但也不会太痛苦。
输尿管镜取石术是一项成熟的微创手术。一般术前均会进行麻醉，麻醉方式可有半麻、腰麻、硬膜外，甚至全麻下等。因此，在手术的操作过程中患者是无痛觉感知的，术中基本无痛苦。
输尿管镜取石术为方便尿液等引流，一般会置入双J管，即支架管，会对输尿管造成轻微的刺激，而引起轻微的不适，排尿时明显些，但也不会太痛苦，在可耐受的范围内。
