霉菌性阴道炎主要的发病原因为假丝酵母菌感染。假丝酵母菌属于一种条件致病性的真菌，通常在机体健康的状态下，阴道内的菌群处于平衡状态并不足以发病。当人体的免疫力低下时，假丝酵母菌可能会出现过度增殖，从而引起炎症反应。长时间运用糖皮质激素类的药物、长期应用免疫抑制剂、存在重度感染时，阴道局部环境被破坏后，假丝酵母菌可能会出现过度增殖，也有可能会导致霉菌性阴道炎。
此外，霉菌性阴道炎属于一种传染性的疾病，可通过性接触进行传播，还可通过间接途径进行传播，例如接触被污染的衣裤等。
