胃肠镜检查过程中，导致传染疾病的可能性是非常小的。
虽然胃肠镜检查，所使用的内镜并不属于一次性耗材，是需要重复使用的。从理论上来说，有一定的导致疾病传染的风险，尤其内镜消毒不严格的地方。如果内镜消毒流程非常规范，内镜消毒后，可以有效杀灭相关的细菌和病毒，避免内镜引起的交叉感染，不需要担心这方面问题。而且很多医院在进行胃镜检查之前，会要求患者进行相应的传染病筛查，比如乙肝病毒、丙肝病毒，艾滋病，梅毒等，如果是阳性患者，内镜消毒可能更加严格，从而彻底避免因内镜检查传播疾病的可能性。
因此，进行胃肠镜的检查而引发交叉感染的可能性非常低的，不需要过度担心。内镜室除了严格进行内镜消毒外，医院也会定期对消毒的内镜进行检测，以达到完全的消毒合格。
