胃间质瘤主要的鉴别诊断有：胃癌、胃淋巴瘤、胃平滑肌瘤等。胃癌患者相关的肿瘤标志物会升高，如：CA199、CA724、CEA等；而胃间质瘤免疫组化CD117、DOG-1等会过度表达。胃淋巴瘤病理组织类型以B淋巴细胞为主，其病变起源于淋巴组织；胃间质瘤起源于未定向分化的间质细胞。胃平滑肌瘤也起源于间叶组织，但为良性肿瘤，生长速度慢，好发于胃体部和胃窦部。一般不会发生恶变，不需要化疗或者靶向治疗。一般建议40岁以上的人群，每年做一次胃镜或者2-3年做一次肠镜，及早发现消化道肿瘤，及早诊治。
