肝囊肿手术总体非常安全，大多数可通过微创手术完成。随着我国医疗技术的进步，肝囊肿手术已不再采取开腹的方式，而是通过腹腔镜完成，手术技术已非常成熟，风险较低。从手术自身角度来讲，腹腔镜手术只需要在腹壁开3-4个小孔，通过特殊的手术器械完成肝囊肿开窗引流或切除术，除少数特别巨大的肝囊肿由于毗邻重要结构，有可能伤及血管之外，绝大多数肝囊肿手术几乎没有太多并发症，痛苦也小，患者一般在手术后第二天即可出院。
如果患者年龄较大，合并有严重心肺慢性疾病，或肝肾功能不全，这就需要评估手术必要性和手术带来的风险，如果身体无法耐受全身麻醉和微创手术，也可采取肝囊肿穿刺减压的方法治疗。
