甲状腺囊肿要根据其大小，判断是否需要进行处理，如果囊肿直径比较大，并且出现了压迫气管或者食管或者压迫周围神经等相应的临床表现，就需要进行切除，避免周围组织受到进一步的压迫。如果囊肿的体积比较小，患者没有出现任何身体上的不适，一般小于五个公分的囊肿都是不需要进行特殊治疗的，只需要定期监测囊肿的大小就可以了。
如果囊肿和周围组织出现了分解不清的现象，或者囊肿周围的淋巴结出现了肿大，就需要进一步检查是否出现了恶变，如果出现了恶变，需要及时进行手术及放化疗等治疗。
