肛周脓肿手术疼痛多在术后，级别在四级左右。因为患者在做手术期间需要使用麻醉药物，所以并不会有明显疼痛感，但是在术后麻药效果减退，会出现明显疼痛感，此时疼痛感的级别和患者自身耐受能力有关。如果患者是低位肛周脓肿，多数在术前会有局部疼痛伴随着发热、活动受限表现，而疼痛多为刺痛，比较明显，需及时通过手术切开引流治疗。若是高位的脓肿，例如在骨盆直肠间隙的脓肿，多为胀痛感伴随着寒战、高热及乏力反应，严重时会出现感染性休克，需及时治疗。
