功能性消化不良是可以完全治愈的。功能性消化不良是指排除消化系统器质性病变外，所有能引发消化不良的病症。其中以精神因素最为多见，尤其是青年女性，此类患者在生活当中大多数会有使精神异常的因素持续存在，比如工作压力过大、精神紧张、持续焦虑等。通过改变生活条件，可以使上述精神因素消除，就会彻底治愈、完全康复。但是也有极少一部分患者会是原因不明的胃肠动力减弱，因为不能明确具体病因，只能是长期药物对症治疗、缓解症状。
