急性胃肠炎有一些是可以自愈的，但大多数是不能自愈的。自限性的疾病，有一些是由于沙门氏菌属感染引起的急性的胃肠道的反应。胃肠道反应剧烈的时候，可以使肠道内致病菌被迅速排出体外，因此，毒血症症状一般比较轻微，它有可能在一周左右的时间，就能够自己恢复，部分患者由于机体抵抗力差，或患有一些慢性病或者是接受肾上腺皮质激素，免疫抑制剂等治疗，致使身体抵抗力下降，则病菌可以自胃肠壁侵入血液引起菌血症，造成较大的感染。还有像一些细菌感染，很难达到自愈，需要辅助抗生素的治疗。
