先天性巨结肠的治疗方法包括保守治疗、手术治疗。具体如下：
1.保守治疗。对于不能进食者需给予静脉营养，电解质紊乱者需纠正电解质紊乱；另外需要控制感染，可给予积极抗感染治疗。
2.手术治疗。分别有结肠造瘘术和根治手术，结肠造瘘术适用于非手术治疗无效，又不能实施根治性手术的患者。根治性手术将有病变的结肠连同乙状结肠、直肠一段缺少神经节细胞的肠段切除，再做结肠-直肠吻合术。
先天性巨结肠一旦明确诊断以后，及早进行治疗，避免延误病情。
