巧克力囊肿患者是可以怀孕的。巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种特殊表现，是指子宫内膜异常出现在卵巢表面，随着月经周期可发生剥脱出血，血液蓄积时间长久便会出现巧克力样颜色，因此也叫巧克力囊肿。有研究发现，子宫内膜异位症患者不孕不育几率高达40%，因此巧克力囊肿患者怀孕难度较正常人增加，但通过药物及手术治疗，在医师辅助下，此类患者是可以怀孕的。正常怀孕的巧克力囊肿患者若非达到必须手术指征，也可正常怀孕，在分娩后再进行相关治疗。有研究发现，怀孕时不发生月经，有助于巧克力囊肿患者改善症状。
