消化不好在临床上会有很多表现，包括食欲不振、腹痛、恶心、反酸等。治疗时首先要明确病因，对症治疗，若为胃食管反流病引起的消化不好，多用抑酸、促进胃动力药物；若为幽门螺杆菌感染引起的胃炎、消化性溃疡，先进行根除幽门螺杆菌治疗；若为肠易激综合征，对症运用解痉、抗抑郁、止泻等药物；长期服用非甾体类抗炎药等药物，也会引起消化不良等症状，如确有必要服用，建议和食物一起或餐后服用。此外，在对症治疗的基础上还应该改变生活习惯，清淡饮食，适量运动，规律作息，控制情绪。不同疾病有其相应的治疗方法。
