痛经是子宫内膜异位症最典型的症状，典型的痛经多于月经开始前1-2日出现，月经第1日最剧烈，以后逐渐减轻并持续至整个月经期。子宫内膜异位症可能导致盆腔局部解剖结构异常，如卵巢、输卵管周围广泛粘连，导致输卵管梗阻或扭曲，使输卵管蠕动异常，影响拾卵和对受精卵的运输功能。
另外，内异症患者腹腔液中含有异常物质导致不孕，且内异症可能激活体内免疫系统，细胞因子增多，多种细胞因子和补体系统造成的损伤反应导致不孕。
