一般情况下，功能性消化不良经过规范的治疗能根治。
功能性消化不良是由胃和十二指肠等功能紊乱所引起的临床综合征，也是一种常见的功能性胃肠病。其临床表现有餐后饱胀、早饱感、上腹胀痛、嗳气等症状。起病一般缓慢，呈持续性或反复发作，可以由饮食、精神因素诱发。
其治疗主要以消除病因、缓解症状、提高生活质量等治疗为原则。常用药物治疗有抑酸护胃药如奥美拉唑肠溶片、盐酸雷尼替丁片等抑制胃酸保护胃黏膜治疗；促胃肠动力药如潘多立酮片、莫沙必利片等促进胃肠蠕动，帮助消化吸收。患者可遵医嘱服用以上药物，可有效缓解胃肠功能的不适症状。
功能性消化不良，经过有效规范的治疗后，大部分患者能够根治，能够减轻或消除消化道症状，维持正常的生活质量。
