胃肠道身心疾病的发病机理不是特别清楚，可能跟心理因素、饮食、内脏感觉异常、胃肠动力变化以及遗传因素、环境因素都有关系。
医学研究可以证明心理因素，特别是应激状态下的，胃肠动力和内脏感觉会发生变化，这方面的因素可能更多一点。所以心理因素、社会因素可能在胃肠道身心疾病中占有更重要的比重。
现代医学提出了脑肠轴的概念，脑就是大脑，肠就是肠道。脑肠轴，就是精神因素或者外界环境因素刺激，通过中枢神经系统作用于胃肠道系统，造成内脏感觉、胃肠动力改变，导致胃肠道身心疾病。
