中耳炎手术具有一定的危险性，主要包括手术中的危险、手术后的危险。
因为中耳炎手术涉及颞骨，颞骨周围比邻重要的动脉、静脉血管和筋膜间隙，并且紧贴内耳，如果手术操作不当可能导致出血或感音神经性聋。术中操作还涉及面神经，面神经有很长一段走行于耳内，涉及味觉、泪液、唾液分泌以及脸部和面部肌肉运动和表情，如果损伤会导致面瘫，因此中耳手术对操作者的精确度和熟练程度要求很高。
术后护理不当也有可能继发中耳感染，甚至颅内感染，引起移植物坏死、鼓膜再次穿孔等。
但是具有手术指征的患者不必十分紧张，随着医学的发展，中耳炎的手术风险性相对较低。如出现以上并发症也有相应的治疗措施进行补救。
