原发性闭经是由于遗传因素或者先天性发育异常所导致的闭经。
原发性闭经分没有第二性征的闭经和有第二性征和解剖异常的闭经。
- 没有第二性征的闭经常见于性腺先天性发育不全、酶缺乏导致的子宫缺如、青春期前卵巢受到辐射、化疗、放疗，导致卵巢功能早衰，以及生理性的发育延迟、嗅觉缺失综合征、中枢神经系统的肿瘤以及营养不良、神经性厌食、甲状腺功能低下。
- 有第二性征和解剖异常的闭经只是子宫卵巢发育畸形，导致不能正常月经来潮，有第二性征发育。最常见的是处女膜闭锁、阴道完全横膈、始基子宫、无子宫、宫颈阴道发育不全或者缺如、真两性畸形等。
