甲状腺囊肿一般是由于单纯性甲状腺肿、结节性甲状腺肿、甲状腺腺瘤等各种类型的甲状腺结节长时间缺血后退行性病变所导致。
以结节性甲状腺肿导致的甲状腺囊肿为例。在某个时间段内，由于机体对碘元素需求的增加或碘元素的缺乏，会导致甲状腺滤泡的增生，并且多个增生的甲状腺滤泡彼此融合，从而形成甲状腺结节。甲状腺结节长时间的缺血，继而会导致结节的退行性病变，从而出现结节钙化、纤维化或囊肿样变。
而单纯性甲状腺肿和甲状腺腺瘤所导致的甲状腺囊肿形成也与上述情况相似
