肛瘘的主要症状是肛瘘的外口间断性或持续性地流出脓性、黏液性和血性分泌物。肛瘘是肛管直肠周围皮肤的肉芽肿性管道，由外口、瘘管、内口构成。
如果出现较大的高位肛瘘，瘘管位于括约肌外，管道与肠壁相通，可有粪便或者气体从瘘管外口排出，严重影响生活质量。
此外，由于瘘管不断有分泌物排出，肛门周围无法保持洁净干燥，肛门部的皮肤会出现瘙痒潮湿的情况，严重时会出现湿疹。
当瘘管出现化脓感染时，患者会感到明显疼痛并出现发热、乏力、寒战等全身感染的临床表现。
