治疗肾结石不一定都需要手术治疗，也需要因具体情况而异。
若仅是在体检时发现肾脏有小结石，直径在6毫米以内，且患者无任何的身体不适，肾功和尿常规等生化检查均正常，则一般不建议过度治疗，多饮水，加强锻炼，小结石很可能会自行排出体外。
若结石在1.5厘米以内，且无严重感染时，一般可选体外冲击波碎石加药物排石方式，药物排石失败时才考虑进行手术治疗。
若肾结石较大，超过1.5到2厘米，特别是合并梗阻造成肾积水的，应积极进行手术治疗，手术方式包括经皮肾镜碎石和输尿管软镜碎石。
