牙髓病以及根尖周病在做根管治疗时，可能会有一定的疼痛感，主要是局部有炎症反应，可能会刺激到牙齿神经。临床上一般在做根管治疗时，都是在局部麻醉状态下进行，在麻醉之后再去进行根管治疗，一般患者不会有明显的疼痛。
牙髓有活力的情况下做根管治疗可以先失活牙髓，减轻去除牙髓过程引起的疼痛感觉。
另外，口腔医生用器械去做根管预备时，可能有些患者会有肿胀或轻微不适感，做过根管治疗后，一周内可能会出现肿胀或轻微疼痛，一般在一周左右会自行缓解。不用对做根管治疗的疼痛感过于恐惧。
