潜水会头痛与二氧化碳中毒、鼻窦疾病、减压病、氧中毒等有关，具体分析如下：
2020年公布的一个神经病学新的名词叫潜水性头痛。指的是潜水深度在10m以下，在没有减压病的情况下，于下潜过程中发生的头痛，这种头痛的发生原因不明，可能与伴有二氧化碳中毒有关系。缓解这种潜水性头痛的方法是吸纯氧，大多数头痛在吸氧1小时内可以消失。
另外潜水时气压差过大对鼻窦也可能造成损伤，引起面部疼痛或头痛。所以有鼻窦疾病的人不建议潜水。
另外潜水后出现的头痛还可能与减压病有关系，即下潜后上升速度过快，导致肢体和头部疼痛等症状的出现。
再有潜水时氧中毒，潜水超过200米深度时，机体受高压作用而引起的神经系统功能障碍出现高压神经综合征等等都可以引起头痛。
