胃食管反流的发病原因有很多。胃食管反流主要和食管下括约肌的功能受损有一定的关系，如果食管下段括约肌静息状态时比胃内压力高，就容易出现反流的情况。导致这种情况可能是贲门手术术后、食管裂孔疝等，此外，如果患者比较肥胖或者是处于妊娠期、有腹腔积液，就可能会导致食管下端括约肌压力增高。另外胃食管反流还可能是患者唾液分泌减少导致的，如果患者的唾液分泌减少，会导致食管蠕动减慢，吞咽功能减弱，在重力作用下就会发生反流，常见于干燥综合征的患者。
