对于药物和手术治疗无效的梗阻性肥厚型心肌病的患者可以通过起搏器治疗，来控制或者调整房室收缩顺序，达到解除梗阻、缓解患者症状、防治并发症、提高患者生活质量的作用。
梗阻性肥厚型心肌病的患者的治疗需要个体化，来减轻流出道梗阻、改善心室顺应性、防治血栓栓塞等并发症、及时识别高危猝死的病人。
在临床上，药物治疗是梗阻性肥厚型心肌病患者治疗的基础，针对流出道梗阻的药物主要有β受体拮抗剂和非二氢吡啶类钙通道阻滞剂，同时，对伴有房颤的病人需要抗凝治疗。对于药物无效、心功能不全的病人要考虑手术治疗、室间隔消融术。对于药物治疗效果差而又不太适合手术或者消融的病人可以选择双腔起搏治疗。
