大多数的肾囊肿是后天原因形成的，少部分肾囊肿是遗传因素或先天因素导致。单纯性肾囊肿主要是年龄的增长导致，它可能来源于肾小管憩室。
随着年龄的增长，肾小管憩室逐渐增多，肾小管如果出现扩张就会造成囊肿。这类单纯的没有症状的囊肿可能会在一侧出现，也可能会在双侧出现，或者是一侧肾脏出现好几个囊肿。对于没有症状的，比较小的肾囊肿不需要特殊的治疗，只需要定期随诊就可以。
如果直径比较大，比如直径超过5cm的肾囊肿可以采用超声引导下穿刺，或者是微创手术治疗。
