一般肾囊肿是液性的，而肾肿瘤是实质性的。肾囊肿和肾肿瘤是比较好区别的，可以通过影像学检查进行区别，比如肾脏的超声或者是肾脏的CT扫描。如果是肾囊肿，在B超下一般表现为无回声。如果是肾肿瘤，在B超下一般表现为低回声，在肿瘤内可以发现血流信号。
另外，肾囊肿和肾肿瘤还可以通过CT来鉴别，通常都需要做增强CT扫描。如果是肾囊肿，增强CT是不会出现强化的。如果是肾肿瘤，由于肿瘤组织有血液的供应，增强CT扫描下肿瘤会出现不同程度的强化。
