附件囊肿的症状与囊肿是否有内分泌功能、大小、生长速度等有关。小的附件囊肿患者往往没有任何症状，通过妇科检查或者超声检查发现，生理性的附件囊肿，例如卵巢黄体囊肿或者滤泡囊肿，通常是不需要处理的，一般观察2~3个月后复查可消失。大的附件囊肿可出现一侧下腹部隐痛、坠胀，甚至有可能自己在一侧腹部摸到包块；如果囊肿发生破裂或者蒂扭转，可发生急性腹痛、恶心、呕吐等。
病理性的附件囊肿，例如卵巢子宫内膜异位囊肿，患者往往有继发性痛经、进行性加重，伴有不孕、深部性交痛等。具有内分泌功能的卵巢囊肿，患者可出现不规则阴道流血，月经失调等。
