胚胎染色体异常的原因有很多种，比如夫妻双方有隐性遗传因素，且共同遗传到下一代时，会出现显性遗传。或者孕妇年龄较大，卵子发生老化，影响成熟分裂过程中同对染色体之间的关系和分裂后期活动，导致不分化，这样也会导致胚胎染色体异常。还有可能是孕妇自身患有免疫疾病，如甲状腺原发性自身免疫抗体增高，也会导致胎儿的染色体异常。另外，在备孕期间或者怀孕初期，孕妇受到环境污染、电离辐射，或者化学成分影响等，也会导致胚胎染色体异常。
