黄体酮的副作用并不是很大，部分女性用药后可能会出现胃肠道反应、头晕、阴道不规律出血、过敏、肝肾功能损伤等。
1、胃肠道反应：如果大剂量口服黄体酮胶囊，可能会出现一些胃肠道反应，比如会造成女性轻微的恶心呕吐、食欲改变等。但是停药后多数能自然缓解，不用担心。
2、头晕：少数女性用药后可能会出现头晕的症状，建议调整用药的时间，可以安排在晚上睡觉前用药，能有效缓解头晕。
3、阴道不规律出血：不规范用药或者在用药的过程中漏腹，可能会造成性激素水平的波动，导致女性阴道不规律出血。
4、过敏：部分女性肌注黄体酮后，可能会出现局部硬结、瘙痒、红肿等不适，还可能会有皮肤红疹出现。一旦用药过敏，需要尽快停药后就医。
5、肝肾功能损伤：长时间、大剂量使用黄体酮有可能会对肝肾功能造成损伤，所以一定要在医生的指导下用药。
正常的情况下遵医嘱、按说明使用黄体酮并不会出现明显的副作用，针对月经失调、先兆流产的女性，可以遵医嘱用药按时用药。用药期间如果有不良反应，也可以及时就医调整治疗方案。
