巧克力囊肿一般不能够自愈。
巧克力囊肿也称为卵巢子宫内膜异位囊肿或者卵巢子宫内膜异位症，是卵巢囊肿的一种病变分类，但是属于病理性卵巢囊肿类型。对于生理性卵巢囊肿来说，比如卵泡囊肿和黄体囊肿，一般体积都较小，症状不明显，一般都能够自愈。但是对于病理性卵巢囊肿来讲，由于发生了器质性病变，因此自愈可能性不大。
巧克力囊肿是由于异位的子宫内膜在卵巢内生长，随着月经周期而出血，形成的存在陈旧性积血的囊肿。当女性在育龄期，雌激素、孕激素水平正常，一旦月经来潮则积血增多，因此巧克力囊肿很难自愈。
个别情况下，巧克力囊肿存在自愈的可能性，比如接近绝经期的患者，激素水平下降，经血减少，囊肿会逐渐萎缩。或者在怀孕期间，子宫内膜停止剥脱出血，可能会使囊肿坏死。
巧克力囊肿如果发生在育龄期，建议遵医嘱使用孕三烯酮、吲哚美辛、达那唑等药物治疗，必要时采取手术切除的方式治疗。治疗期间注意卫生，定期复查。
