引起肚脐下面小肚子隐痛的原因比较多，常见的为肠道方面疾病、泌尿系统疾病、妇科疾病、前列腺炎等。
出现肚脐下面，小肚子隐隐作痛，可能是肠道方面疾病所导致的，比如肠梗阻、肠炎、阑尾炎、肠道占位性病变、溃疡性结肠炎等。出现肚脐下面小肚子隐隐作痛的症状，也可能是泌尿系统疾病所引起的，比如膀胱炎、肾盂肾炎、输尿管结石、膀胱炎等，同时还可能会伴有尿频、尿急等症状。女性先出现肚脐下面，小肚子隐隐作痛，也可能是由于盆腔炎、附件炎、卵巢囊肿、子宫内膜炎、输卵管炎症、子宫肌瘤等妇科疾病导致的。
男性患有前列腺炎症后，也有可能会引起肚脐下面小肚子隐痛症状。经常性出现肚脐下面小肚子隐隐作痛的症状，建议及时去医院就诊，在医生面诊后，根据患者的其他症状，选择相应的检查项目，明确病因，针对性治疗。
