一般情况下，打黄体酮针可能会有头晕头痛及胃肠道不适、月经失调、体重增加、注射部位硬结等副作用，如果在怀孕期间擅自应用，可能会引起保胎不当。
由于黄体酮的主要成分为孕激素，打黄体酮针属于外源性的补充，可能会导致体内激素水平升高，使女性出现头晕、头痛等副作用。同时受到激素水平的影响，部分女性可能会出现恶心、呕吐、食欲不振等胃肠道不适症状。
黄体酮为激素性药物，如果连续打黄体酮针，可能会导致内分泌紊乱，进而引起月经失调，出现月经量减少的情况，严重时可能会引发闭经。
由于黄体酮内含有大量的孕激素，打黄体酮针后可能会导致体内孕激素水平升高，引发水钠潴留，从而使女性出现体重增加的情况。
由于黄体酮属于油剂，注射不当可能会导致人体难以吸收药物的成分，进而使注射部位出现硬结，伴随着红肿、疼痛、瘙痒等不适症状。如果不注意护理，可能会引发感染，影响人体的健康。
由于黄体酮具有保胎的作用，如果在怀孕期间擅自应用，可能会导致胎儿生殖器官的发育受到影响，比如女胎男性化等。
