一般情况下，消除卵巢囊肿的方式有以下几种：
适用于生理性卵巢囊肿，指卵泡在生长发育过程中出现的异常生理变化。如滤泡囊肿、黄体囊肿等。通常不需要特殊处理，也不会引起疼痛，在2-3个月经周期后可能会自然消退。
可在医生的指导下根据囊肿的性质选择合适的药物进行治疗，如内膜样囊肿，可在医生的建议下使用去氧孕烯炔雌醇片、炔雌醇环丙孕酮片等药物进行治疗；炎症性囊肿，医生常建议使用注射用青霉素钠、罗红霉素分散片等药物进行治疗。
主要是在医生的建议下通过卵巢囊肿切除术的方式进行消除，是消除卵巢囊肿但保留卵巢的一种手术。也可以根据患者的具体情况决定是否切除子宫及其附件，如囊肿发生癌变、患者无生育要求等，可切除相对应的卵巢、输卵管、子宫等器官。
多数卵巢囊肿是生理性的，可以自行消失。但严重者如果没有得到及时诊断和治疗，可能会出现感染、囊肿破裂等情况，加重患者的不适。所以卵巢囊肿的患者应该保持轻松愉悦的精神状态，良好的精神面貌，配合医生治疗，定期随诊观察。并且在日常生活中应注意养成良好的生活习惯，均衡饮食。
