骨髓移植后肠道排异主要造成腹泻、腹痛、血便等症状，严重时可引起肠梗阻。最根本的治疗是通过有效抗排异药物控制排异反应。此外，以下措施对肠道排异有辅助治疗作用：
由于骨髓移植后肠道排异可能会导致患者严重的腹泻，造成体液大量流失，此时需要及时补充体液，可以通过遵医嘱口服或静脉注射的方式补充生理盐水、葡萄糖酸钙、维生素C等。
预防肠道感染，促进肠黏膜再生和肠道菌群恢复，骨髓移植后肠道排异可能会导致患者出现腹痛、呕吐、腹泻等症状，由于患者骨髓移植后身体虚弱、免疫力低，所以需要及时止痛、止泻，避免造成严重后果。可以遵医嘱应用蒙脱石散、双歧杆菌活菌胶囊、肠炎宁片等药物进行治疗。健康人粪便灌肠也称粪便移植，也是一种有效的控制肠道症状，促进肠功能恢复的有效方法。
针对骨髓移植后肠道排异患者，护理人员应该注意患者的饮食，保持营养均衡、饮食清淡，避免患者腹部受凉，通过加强护理的方式缓解患者的不适。
