溃疡性结肠炎临床表现为下腹痛，尤其是左下腹痛，以及腹泻，多为黏液和血便，因为涉及直肠，很多时候患者可能会感到急迫和沉重，重症患者还可能伴有发热等全身症状。
克罗恩病的临床表现往往比溃疡性结肠炎复杂得多，克罗恩病的病变通常是全层的，最常见的部位是小肠末端（回肠末端），病变的肠道和正常及健康的肠道可以交替存在，由于这些特点，克罗恩病的临床表现往往比溃疡性结肠炎复杂得多。
克罗恩病的不同部位和不同程度的损伤可出现不同的临床表现，有些患者可能有肛裂或肛瘘，导致疼痛和出血，例如，腹痛、腹泻、体重减轻、贫血、发烧、疲劳、腹部肿块等，克罗恩病还可以表现出一些其他器官的症状和体征，如眼睛发红和骨质疏松、肾结石等。
