确诊肛窦炎以后根据患者的严重程度和是否合并其它部位的炎症，可以选择保守治疗和手术治疗。
肛窦炎初期或者症状较轻时可以选择保守药物治疗，可以选择温盐水坐浴，也可以用局部栓剂进行消炎治疗，或者可以选择具有清热凉血的中药进行保留灌肠治疗，通过一定时期的药物治疗，患者病情可以得到缓解甚至治愈。
药物治疗无效或者病情较重如已经形成脓肿或形成瘘管的患者应该选择手术治疗，手术治疗的方法主要有肛窦切开术和肛窦切除术等，应该根据患者的实际情况进行合理选择。
