肛周脓肿患者手术后三个月左右，可能形成肛瘘。但是，并不是所有患者都会形成肛瘘。
对于低位脓肿患者，例如：肛周软组织或肛周皮下间隙脓肿、坐骨直肠窝脓肿、括约肌间脓肿等。由于病变表浅，可以采取脓肿切开引流术，破坏脓肿、脓腔，清除脓液，每天进行创面换药，积极抗炎治疗，是可以治愈的，并不会形成肛瘘病变。
部分高位脓肿，例如：骨盆直肠窝脓肿、直肠后窝脓肿和少见的高位肌间脓肿等。病情复杂，手术以后，在伤口愈合恢复过程中，由于局部引流不畅、管腔闭塞，可能形成肛瘘病变，也就是假性愈合。一般在术后三个月左右，形成肛瘘。可以结合病情，二次手术，采取肛瘘瘘管剔除或切开引流等手术操作，从而治愈病变。
如果患者病情严重，手术过程中，直接进行切开引流手术，对局部括约肌以及周围组织损伤明显，或者术中无法找到肛瘘内口。这种情况，可以分期完成手术。先一期手术做成人为肛瘘病变，三个月后，病情稳定，再二期手术根治。
