生殖器疱疹经过及时系统的治疗后可以临床治愈，但一般难以彻底治愈，容易反复复发。
患上生殖器疱疹后，及早明确诊断，尽快使用嘌呤核苷酸类似物进行抗病毒治疗。免疫力低下时联合使用免疫调节剂治疗，增强免疫功能。继发细菌感染时使用抗生素控制感染，全身症状明显时进行对症治疗。经过一周左右的治疗，大部分都可以使临床症状消退，达到临床治愈的效果。
但是，生殖器疱疹是单纯疱疹病毒引起的一种传染性疾病，没有可以彻底杀灭和清除这种病毒的药物或者措施，所以一旦体内感染了这种病毒，通常都会表现出长期的感染状态，难以彻底治愈，免疫力下降时就会导致生殖器疱疹反复发作。
